Kostel sv. Ignáce leží na území Římskokatolické farnosti sv. Štěpána, jež je součástí Arcidiecéze pražské. Architektura kostela představuje dovršení raně barokního slohu v Čechách a je zachována takřka v původním stavu. Vnitřní výzdoba však prošla proměnami a převážná část dnešního vybavení pochází z 2. poloviny 18. století.
Když v roce 1678 posvěcen kostel sv. Ignáce, byly v něm už s největší pravděpodobností instalovány i varhany. Jednalo se o barokní nástroj se dvěma manuály a 19 registry. Ty byly rekonstruovány v roce 1912.
Na konci 2. světové války způsobily výbuchy bomb na Karlově náměstí při mylnému náletu na Prahu narušení statiky kůru. Protože hrozilo zřícení celé varhanní kruchty, byly varhany demontovány, kůr zpevněn a hudební nástroj zrekonstruován.
Současná podoba nástroje pochází od firmy Kánský-Brachtl z roku 2013: třímanuálové historické varhany mají stejně jako v roce 1912 celkem 50 rejstříků a 3 100 píšťal. Nejmenší z píšťal měří 15 mm a největší 6 m.